Disciplina 9391034 - Tópicos Especiais em Bioinformática - PPGBB

Estrutura curricular

Disciplina do PPGBB
9391034 - Tópicos Especiais em Bioinformática

  • Disciplina não obrigatória
  • Início: 01/03/2023
  • Nível: Doutorado
  • Créditos: 4 (Créditos computáveis)
  • Períodos de oferta: 1
    • Ementa
  • - Conceitos Básicos de Biologia Molecular;
    - Problema de comparação de sequências: algoritmos de Needleman-Wunsch, Smith Waterman e BLAST; - Problema de montagem de fragmentos: algoritmo em grafos;
    - Problema de filogenia: algoritmos utilizando características e distâncias, o problema da compatibilidade entre filogenias;
    - Projetos de sequenciamento de genomas: tecnologia Sanger e tecnologias de alto desempenho;
    - Aspectos práticos: Linux e Linguagem Perl; ferramentas: BLAST, PHRAP e CAP3, Phylip; browsers: NCBI, GOLD, ...
    - Seminários nas áreas de: Algoritmos, Inteligência Artificial (Sistemas Multiagentes, Data Mining), Aprendizagem de Máquina (Redes Neurais, SOMs, Cálculo de Probabilidades, Algoritmos Evolutivos), Banco de Dados, Sistemas Distribuídos e Paralelos (GPU), Pipelines para sequenciamento de alto desempenho.
    • Bibliografia
  • Higgs, P. G. e Attwood, T. K. Bioinformatics and Molecular Evolution. Blackwell Publishing. 2005.
    Lewin, B. Genes IX. Porto Alegre: Artmed. 2009. Mardis, E. R. Next-Generation DNA Sequencing Methods. Annual Review of Genomics and Human Genetics. 9:387–402. 2008.
    McHardy, A. C. Finding Genes in Genome Sequence. Jonathan M. Keith (ed.), Bioinformatics, Volume I: Data, Sequence Analysis, and Evolution, 452:163-177. Humana Press, a part of Springer Science + Business Media, Totowa, NJ. 2008.
    Pop, M. e Salzberg, S. L. Bioinformatics challenges of new sequencing technology. Trends in Genetics, 24(3): 142-149. 2008.
    Schuster, S. C. Next-generation sequencing transforms today’s Biology. 5(1). Nature Methods. Nature Publishing Group. 2008.
    Setubal, J. C. and Meidanis, J. Introduction to Computational Molecular Biology. PWS Publishing Company. Boston. 1997. (problema da comparação de seqüências de DNA, montagem de fragmentos e filogenias)
    Watson, J. et al. DNA recombinante: genes e genomas. 3ª Ed. Porto Alegre: Artmed. 2007.

    Artigos recentes nas áreas de Biologia Computacional e Bioinformática