Dissertação/Tese REUTILIZAÇÃO DE SUBSTRATO PROVENIENTE DA PRODUÇÃO DE MUDAS: EXTRAÇÃO DE DNA GENÔMICO DE MICROORGANISMOS, DESINFESTAÇÃO E QUALIDADE DE MUDAS - PPGCF

Os substratos utilizados como meio de crescimento para as plantas são propícios à proliferação de micro-organismos patogênicos que podem ser identificados pela técnica de isolamento de ácidos nucleicos. Com o intuito de otimizar um protocolo de extração de DNA genômico estabelecido para solos, este estudo teve como objetivo comparar a eficiência de três metodologias de extração, através da avaliação da pureza e quantidade do material genético extraído. Substratos cujas mudas morreram foram coletados em diferentes fases no processo de produção e o DNA foi extraído pelos seguintes métodos: M1-Zhou et al. (1996); M2-Hardeman & Sjoling (2007) e M3-Wang et al. (2012). As extrações foram analisadas por eletroforese em gel de agarose e através de leitura espectrofotométrica medindo a absorbância da solução no comprimento de onda de 260 nm. Foram realizadas amplificações pela reação em cadeia de polimerase (PCR) utilizando pares de oligonucleotídeos iniciadores específicos para fungos, baseados na análise da região dos genes ribossomais (5.8S) e internas (ITS1, ITS4 e ITS5) e um par específico para bactérias. Análises realizadas por PCR resultaram em amplificações de genes específicos para fungos e bactérias, o que evidenciou um DNA livre de contaminação. As metodologias M1 e M3 não apresentaram resultados satisfatórios, uma vez que falharam para quantidade detectável de DNA. Este estudo sugeriu que a metodologia M2 foi a mais eficiente especialmente por obter um DNA de boa qualidade e quantidade suficiente para conseguir bons resultados na técnica de PCR.

The substrates used as culture media for the plants are conducive to proliferation of pathogenic microorganisms and can be identified by the nucleic acids isolation technique. In order to optimize a protocol for genomic DNA extraction established for soils, this study aimed to compare the efficiency of three extraction methods by assessing the purity and quantity of the genetic material extracted. Substrates whose seedlings died, were collected at different stages of the production process and the DNA was extracted by the following methods: M1-Zhou et al. (1996), M2-Hardeman and Sjoling (2007) and M3-Wang et al. (2012). The extractions were analyzed by agarose gel electrophoresis and by measuring the spectrophotometric absorbance of the solution at a wavelength of 260 nm. Amplifications were performed by the polymerase chain reaction (PCR) using pairs of primers specific to fungi, based on the analysis of the region of ribosomal genes (5.8S) and internal (ITS1, ITS4 and ITS5) and a pair specific for bacteria. The Analyses performed by PCR resulted in specific amplification of genes for fungi and bacteria, which indicated a DNA contaminationfree. The methods M1 and M3 did not show satisfactory results since they have failed to detectable quantities of DNA. This study suggested that the method M2 was the most effective, especially for obtaining a DNA of sufficient quality and quantity to achieve good results in the PCR technique.