Dissertação/Tese PERFIL DE EXPRESSÃO GÊNICA EM HÍBRIDOS DE Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla AFETADOS PELO DISTÚRBIO FISIOLÓGICO DO EUCALIPTO (DFE) - PPGCF

No início dos anos 2000 o Distúrbio Fisiológico do Eucalipto (DFE) passou a ser relatado como o principal responsável pela redução da produtividade em plantios comerciais de eucalipto localizados nos litorais do Espírito Santo e da Bahia. Os sintomas causados por essa desordem fisiológica incluem perda da dominância apical, trincamento de casca e emissão de brotações adventícias ao longo do tronco, comprometendo o crescimento e a produtividade, podendo levar a morte de genótipos muito suscetíveis. A hipótese prevalente é de que o DFE é causado por fatores abióticos e que o padrão de expressão de genes implicados em vias metabólicas seja responsável pela resposta de resistência ou suscetibilidade. Patra tanto, analisou-se o padrão de expressão gênica total em folhas de plantas com sintomas e em plantas sem sintomas de três clones de eucalipto. A tecnologia utilizada para detectar e quantificar os transcritos foi RNA-Seq na plataforma Illumina HiSeq 4000 paired-end. O sequenciamento resultou em 14,00 G de bases brutas, 13,60 G de bases limpas que compreendem 46,3 milhões de sequências brutas e 45,4 milhões de sequências limpas. Após o processo de mapeamento dos reads no genoma do eucalipto, pode-se observar que a porcentagem de mapeamento foi maior que 95%. Uma análise mais refinada do processo de mapeamento mostra que acima de 50% dos reads mapeados ocorreram em regiões anotadas, em torno de 6 a 7% não foram mapeados, entre 6 e 8% foram alinhados em múltiplos locais, 4% foram alinhados em região não anotada e 30%, aproximadamente, foram ambíguos, impedindo o correto alinhamento. Foram obtidos 2.819 exons diferencialmente expressos (DEG) entre plantas com sintomas e plantas sem sintomas. Desse total, 1.265 (44,87%) foram induzidos e 1.554 (55,13%) foram reprimidos nas plantas com sintomas de DFE. A classificação desses exons quanto a possíveis funções. Assim, 1.064 exons diferencialmente expressos possuem similaridade com genes catalogados no NCBI. Alguns desses DEG compõem vias bioquímicas/metabólicas/biossíntese implicadas com estresse abiótico. Esses dados estão descritos e serão relacionados com a literatura disponível.

In the early 2000s, the Physiological Disturbance of the Eucalyptus (DFE) started to be reported as the main responsible for the reduction of productivity in commercial eucalyptus plantations located on the coast of Espírito Santo and Bahia. Symptoms caused by this physiological disorder include loss of apical dominance, cracking of the bark and the emission of adventitious shoots along the trunk, compromising growth and productivity, which can lead to the death of very susceptible genotypes. The prevailing hypothesis is that DFE is caused by abiotic factors and that the pattern of expression of genes involved in metabolic pathways is responsible for the response of resistance or susceptibility. So much, the pattern of total gene expression was analyzed in leaves of plants with symptoms and in plants without symptoms of three clones of eucalyptus. The technology used to detect and quantify the transcripts was RNA-Seq on the Illumina HiSeq 4000 paired-end platform. The sequencing resulted in 14.00 G of crude bases, 13.60 G of crude bases that comprise 46.3 million crude strings and 45.4 million of clean strings. After the reading mapping process in the eucalyptus genome, it can be seen that the mapping percentage was greater than 95%. A more refined analysis of the mapping process shows that over 50% of the mapped reads occurred in annotated regions, around 6 to 7% were not mapped, between 6 and 8% were aligned in multiple locations, 4% were aligned in the region not noted and approximately 30% were ambiguous, preventing correct alignment. 2,819 differentially expressed exons (DEG) were obtained between plants with symptoms and plants without symptoms. Of this total, 1,265 (44.87%) were induced and 1,554 (55.13%) were suppressed in plants with symptoms of DFE. The classification of these exons for possible functions. Thus, 1,064 differentially expressed exons have similarity with genes cataloged in the NCBI. Some of these DEGs comprise biochemical / metabolic / biosynthesis pathways involved with abiotic stress. These data are described and will be related to the available literature.